Kostolík bol postavený približne v II. polovici 14. storočia na južnej strane farského kostola sv. Alžbety, na území stredovekého mestského cintorína. Pôvodne spĺňal účel cintorínskej kaplnky. V podzemí sa nachádzajú tzv. kostnice, ktoré slúžili ako miesto na ukladanie kostí, keď sa celý cintorín zaplnil. Dôležitým obdobím bolo 15. storočie, keď bola pristavená bočná loď zo severnej strany. V 17. storočí sa tu ako v jedinom kostole Košíc konali bohoslužby v slovenčine. Keď bolo v roku 1771 zakázané používanie cintorína, okolie kostola sa zmenilo na park, ako ho poznáme dnes. Kvôli umiestneniu uprostred stredovekého cintorína, kde boli kosti na niektorých miestach nájdené až v 8 poschodiach pod zemou, sa tu nachádza geopatogénna zóna. Prvá zásadná rekonštrukcia kaplnky sa uskutočnila v r. 1903 – 1904 v duchu gotického purizmu, pričom sa zároveň odstránila Szatmáriovská loď. Preto dnešná podoba je iba polovicou z pôvodnej stavby pred rekonštrukciou. Druhá zásadná rekonštrukcia sa datuje do obdobia rokov 1998 – 2006, keď boli odstránené neduhy prvej a získala cenu Félix za najlepšiu zrekonštruovanú stavbu roka 2006.